Naast initiëren en begeleiden van onderzoek via de kennisagenda, neemt het Kennisknooppunt Participatie ook deel aan wetenschappelijk onderzoek dat door anderen gestart is. Het Kennisknooppunt heeft daarbij vaak de rol van maatschappelijk-, kennis-, of  praktijkpartner. Op het ogenblik neemt het Kennisknooppunt deel aan de volgende vier onderzoeksprogramma's.

• Het onderzoeksproject REDRESS (‘Revitalized Democracy for Resilient Societies’). Dit project richt zich op ‘hybride democratische innovaties’ waarin vormen van overleg (denk aan burgerfora) en stemmen (denk aan correctieve referenda) worden gecombineerd. Hoe kunnen zulke ‘hybride democratische innovaties’ de representatieve democratie versterken?
• Polarisatie bedreigt het verandervermogen van steden, juist op het moment dat we plannen moeten maken voor een duurzame en veerkrachtige toekomst. Het onderzoeksprogramma CONTRA onderzoekt hoe we de waarde van zulke weerstand kunnen aanwenden om verandering te bewerkstelligen.
• Inspelen op inwonersinitiatief in klimaattransities. De uitvoering van klimaatadaptatie en de energietransitie stelt professionals van gemeenten voor nieuwe uitdagingen, bijvoorbeeld de groei van inwonersinitiatieven op dit thema. Dit project beoogt een serious game te ontwikkelen waarmee professionals van gemeenten effectiever leren omgaan met inwonersinitiatieven.

• Duurzame burgerberaden. Het burgerberaad wordt gezien als een kansrijke vorm om burgers te betrekken bij complexe vraagstukken over klimaat en duurzaamheid. Tegelijkertijd is er nog veel onbekend over hoe je burgerberaden goed ontwerpt en organiseert. Dit programma doet onderzoek naar de opzet, het verloop en de impact van burgerberaden.